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湖南嘉安健達(dá)二代測序分析

來源: 發(fā)布時(shí)間:2024-12-21

二代測序的操作流程有哪些?

1.DNA提取與質(zhì)檢

· 純凈、足量、質(zhì)量好的樣本DNA是檢測成功的基礎(chǔ)(可以來源于血漿、新鮮組織等)

2.DNA處理→文庫構(gòu)建

· 得到統(tǒng)一長度區(qū)間+有接頭的DNA片段

· 步驟:DNA打斷→末端修復(fù)→片段篩選→加A尾→接頭連接→PCR

3.靶向捕獲

· 特定區(qū)域基因的定向檢測

4.上機(jī)測序

· 根據(jù)通量情況選擇測序儀

· 上樣后機(jī)器完成

5.數(shù)據(jù)分析

· 初級(jí)分析:光強(qiáng)數(shù)據(jù)(不同熒光標(biāo)記堿基)→序列信息(AGCT)

· 二級(jí)分析 多儀器自帶

· 三級(jí)分析 vcf文件 可diy 二代測序的使用場景都有哪些?湖南嘉安健達(dá)二代測序分析

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二代測序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展①

疾病診斷與***領(lǐng)域 :消化系統(tǒng)**標(biāo)志物檢測:2024 年的**共識(shí)指出,二代測序(NGS)技術(shù)可同時(shí)檢測消化系統(tǒng)**中的多種標(biāo)志物,如錯(cuò)配修復(fù)基因變異、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)狀態(tài)、**突變負(fù)荷(TMB)等,為**的精細(xì)***提供了更***、準(zhǔn)確的信息。例如,MSI-H 的實(shí)體瘤患者可使用帕博利珠單抗進(jìn)行***,而 NGS 技術(shù)能更好地檢測 MSI 狀態(tài)及相關(guān)耐藥機(jī)制。

**液體活檢:通過檢測血液中的循環(huán)** DNA(ctDNA)等標(biāo)志物,實(shí)現(xiàn)對(duì)**的早期篩查、診斷和***監(jiān)測。NGS 技術(shù)能夠更敏感地檢測到 ctDNA 中的基因突變和變異,為**的無創(chuàng)診斷提供了有力支持。


安徽二代測序技術(shù)一代、二代、三代測序的區(qū)別是什么?

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一代、二代、三代測序的技術(shù)原理和技術(shù)特點(diǎn)分別是什么?

技術(shù)原理:

一代—雙脫氧終止法

二代—橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像

三代—PacBio SMRT測序技術(shù)

技術(shù)特點(diǎn):

一代—只能檢測序列一致的PCR產(chǎn)物;讀長可以較長,比如Sanger可以達(dá)到幾百bp;通量低,一次只能檢測少量的序列;成本低;

二代—可以并行測序;需要放大信號(hào)才能檢測;通量大,可以產(chǎn)生上G的reads;讀長較短,一-般是固定的,比如50、100、150、250等;成本較高

三代:可以并行測序;不需要放大信號(hào),對(duì)單個(gè)分子進(jìn)行測序;通量大,比如SequelII平臺(tái),一張芯片可以有800萬個(gè)ZMW;讀長較長;測序精確度較差;成本高;

二代測序的建庫步驟①

一、樣本準(zhǔn)備

樣本采集:根據(jù)研究目的采**適的樣本,如血液、組織、細(xì)胞等。例如,在**研究中,可能會(huì)采集**組織和對(duì)應(yīng)的正常組織。對(duì)于血液樣本,一般采用靜脈穿刺采集外周血,收集在含有抗凝劑(如EDTA)的**管中,以防止血液凝固。組織樣本則需要在合適的條件下盡快處理,以保持核酸的完整性。如果是新鮮組織,可將其置于液氮中速凍,然后保存在-80℃冰箱中。

核酸提?。簭臉颖局刑崛「哔|(zhì)量的DNA或RNA。對(duì)于DNA提取,常用的方法有酚-氯仿抽提法和商業(yè)化的DNA提取試劑盒。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白質(zhì)變性,離心后使DNA處于水相,從而實(shí)現(xiàn)分離。試劑盒則是基于吸附柱的原理,DNA在特定的緩沖液條件下吸附在硅膠膜上,經(jīng)過洗滌和洗脫步驟得到純凈的DNA。RNA提取過程中,需要特別注意防止RNA酶的污染,因?yàn)镽NA酶***存在且很穩(wěn)定,容易降解RNA。一般會(huì)使用含有RNA酶抑制劑的試劑,如焦碳酸二乙酯(DEPC)處理水來配制試劑,并且操作過程要在無RNA酶的環(huán)境中進(jìn)行,如使用無RNA酶的***頭和離心管。常用的RNA提取方法是Trizol法,Trizol試劑可以同時(shí)破碎細(xì)胞并使RNA與蛋白質(zhì)和DNA分離,然后通過氯仿抽提、異丙醇沉淀等步驟得到RNA。 什么是二代測序技術(shù)?

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二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異③

孕婦及胎兒

優(yōu)勢:無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)是二代測序技術(shù)用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應(yīng)用,對(duì)于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準(zhǔn)確率分別能達(dá)到95%、85%、75%以上,明顯高于傳統(tǒng)血清學(xué)篩查。

局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養(yǎng)細(xì)胞,可能與胎兒實(shí)際情況不一致,導(dǎo)致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等,會(huì)使外周血中游離DNA含量過高,掩蓋胎兒來源的游離DNA,造成假陰性510. 二代測序廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)研究。廣東二代測序運(yùn)用

二代測序廣泛應(yīng)用于個(gè)性化醫(yī)學(xué)。湖南嘉安健達(dá)二代測序分析

什么樣本可以做二代測序?④

4、口腔樣本

口腔拭子:通過刮取口腔黏膜細(xì)胞來獲取樣本。口腔拭子采集方便、無創(chuàng),可用于DNA提取和基因檢測。例如,在法醫(yī)鑒定中,口腔拭子是常用的樣本來源,用于個(gè)體身份識(shí)別和親子關(guān)系鑒定等;在一些大規(guī)模的人群基因篩查項(xiàng)目中,也可以使用口腔拭子來收集樣本。

5、糞便樣本

糞便中含有腸道微生物、腸道上皮細(xì)胞等成分。對(duì)糞便樣本進(jìn)行宏基因組測序,可以研究腸道微生物群落的組成、功能和多樣性。例如,在腸道疾?。ㄈ缪装Y性腸病、結(jié)直腸*等)的研究中,分析糞便中微生物群落結(jié)構(gòu)的變化,以及微生物基因的表達(dá)情況,有助于了解疾病的發(fā)病機(jī)制和尋找潛在的生物標(biāo)志物。 湖南嘉安健達(dá)二代測序分析

標(biāo)簽: 二代測序
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