不同二代測序技術(shù)平臺的速度
Illumina 測序平臺:這是目前市場上應(yīng)用較為***的二代測序平臺之一,其測序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),通量可達數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長,能夠滿足大規(guī)?;蚪M學(xué)研究和臨床檢測的需求。
Roche 454 測序平臺:Roche 454 測序系統(tǒng)的測序速度也較快,其特點是測序片段比較長,高質(zhì)量的讀長能達到 400bp 左右,一次運行可以在 24 小時左右完成對一定數(shù)量樣本的測序。
BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測序儀在速度上也有出色表現(xiàn),如全球二代測序速度**快設(shè)備 E25 量產(chǎn),為快速測序提供了有力支持 什么是二代測序技術(shù)?靜安區(qū)哪里有二代測序技術(shù)
二代測序的建庫步驟⑤
五、文庫富集(可選步驟)
PCR富集:對于一些起始樣本量較少或者連接效率較低的情況,可能需要進行PCR富集。利用與接頭序列互補的引物進行PCR擴增,增加文庫中目標DNA片段的數(shù)量。在PCR反應(yīng)中,需要注意引物的設(shè)計要與接頭序列準確匹配,并且要優(yōu)化PCR循環(huán)數(shù),避免過度擴增導(dǎo)致文庫多樣性降低或引入PCR偏差。一般會通過預(yù)實驗確定合適的PCR循環(huán)數(shù),例如從10-15個循環(huán)開始嘗試,通過檢測擴增產(chǎn)物的量和質(zhì)量來調(diào)整循環(huán)數(shù)。 二代測序技術(shù)二代測序廣泛應(yīng)用于個性化醫(yī)學(xué)。
一代、二代、三代測序的技術(shù)原理和技術(shù)特點分別是什么?
技術(shù)原理:
一代—雙脫氧終止法
二代—橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像
三代—PacBio SMRT測序技術(shù)
技術(shù)特點:
一代—只能檢測序列一致的PCR產(chǎn)物;讀長可以較長,比如Sanger可以達到幾百bp;通量低,一次只能檢測少量的序列;成本低;
二代—可以并行測序;需要放大信號才能檢測;通量大,可以產(chǎn)生上G的reads;讀長較短,一-般是固定的,比如50、100、150、250等;成本較高
三代:可以并行測序;不需要放大信號,對單個分子進行測序;通量大,比如SequelII平臺,一張芯片可以有800萬個ZMW;讀長較長;測序精確度較差;成本高;
二代測序的應(yīng)用領(lǐng)域有哪些?
基因組學(xué)研究:用于全基因組測序,快速獲取物種的基因組序列信息,研究基因組結(jié)構(gòu)、變異、進化等;進行全外顯子組測序,重點關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域,發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的基因突變。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究:通過對轉(zhuǎn)錄組進行測序,可分析基因的表達水平、可變剪接、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)等,有助于深入了解基因在不同生理和病理狀態(tài)下的表達調(diào)控機制。
疾病診斷與***:在遺傳病診斷中,能夠檢測出導(dǎo)致遺傳病的基因突變,為疾病的診斷、遺傳咨詢和產(chǎn)前診斷提供依據(jù);在**研究中,可分析腫瘤細胞的基因突變、拷貝數(shù)變異、基因融合等,為**的早期診斷、靶向***和預(yù)后評估提供支持。
藥物研發(fā):用于藥物靶點的發(fā)現(xiàn)和驗證,通過分析疾病相關(guān)的基因變異和表達變化,確定潛在的藥物作用靶點;還可進行藥物基因組學(xué)研究,預(yù)測患者對藥物的反應(yīng)和不良反應(yīng),實現(xiàn)個體化藥物***。
微生物學(xué)研究:對微生物群落進行宏基因組測序,無需培養(yǎng)即可分析微生物的種類、豐度和功能基因,了解微生物群落的結(jié)構(gòu)和動態(tài)變化,研究微生物與宿主的相互作用,以及在環(huán)境科學(xué)、農(nóng)業(yè)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的應(yīng)用
二代測序的優(yōu)勢是高靈敏度。
二代測序技術(shù)在不同人群中的準確性有何差異②
遺傳病患者及攜帶者
優(yōu)勢:在常見單基因遺傳病如囊性纖維化、鐮狀細胞貧血等的檢測中,二代測序技術(shù)準確性高,能夠快速、準確地找到致病基因,對于有家族遺傳病史的人群,可有效確定是否攜帶致病基因,評估生育患病后代的風險。
局限性:對于罕見遺傳病,由于基因突變的多樣性和復(fù)雜性,可能存在部分致病基因未被覆蓋或難以準確解讀的情況,導(dǎo)致準確性有所降低。此外,即使檢測結(jié)果為陰性,也不能完全排除患病可能,因部分遺傳病可能由未知基因突變或基因與環(huán)境相互作用引起2 二代測序可以應(yīng)用在哪些方面?山東哪里有二代測序流程
二代測序需要分析嗎?靜安區(qū)哪里有二代測序技術(shù)
一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么?
一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。
二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時對上百萬甚至數(shù)十億個DNA分子進行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標。
三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù),這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達到幾-kb的級別,遠遠高于二代測序技術(shù)。 靜安區(qū)哪里有二代測序技術(shù)
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