②二代測(cè)序一般多久出結(jié)果?
2、測(cè)序平臺(tái)和通量
不同的二代測(cè)序平臺(tái)有不同的通量(一次能測(cè)序的樣本數(shù)量和數(shù)據(jù)量)和測(cè)序速度。一些高通量的測(cè)序平臺(tái),如IlluminaNovaSeq系列,能夠在較短時(shí)間內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)。但如果使用的是通量較低的小型測(cè)序儀,或者測(cè)序儀的運(yùn)行時(shí)間被多個(gè)項(xiàng)目分配,都會(huì)影響結(jié)果產(chǎn)出的時(shí)間。例如,在高通量平臺(tái)上進(jìn)行全基因組測(cè)序,測(cè)序運(yùn)行時(shí)間可能在2-7天左右,具體取決于測(cè)序深度等因素。而對(duì)于一些小型臺(tái)式測(cè)序儀進(jìn)行靶向基因測(cè)序,運(yùn)行時(shí)間可能在1-3天。 二代測(cè)序的成本比一代測(cè)序高嗎?貴州嘉安健達(dá)二代測(cè)序價(jià)格
不同二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)的速度
Illumina 測(cè)序平臺(tái):這是目前市場(chǎng)上應(yīng)用較為***的二代測(cè)序平臺(tái)之一,其測(cè)序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長(zhǎng),能夠滿足大規(guī)模基因組學(xué)研究和臨床檢測(cè)的需求。
Roche 454 測(cè)序平臺(tái):Roche 454 測(cè)序系統(tǒng)的測(cè)序速度也較快,其特點(diǎn)是測(cè)序片段比較長(zhǎng),高質(zhì)量的讀長(zhǎng)能達(dá)到 400bp 左右,一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對(duì)一定數(shù)量樣本的測(cè)序。
BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測(cè)序儀在速度上也有出色表現(xiàn),如全球二代測(cè)序速度**快設(shè)備 E25 量產(chǎn),為快速測(cè)序提供了有力支持 陜西嘉安健達(dá)二代測(cè)序高通量測(cè)序是二代測(cè)序嗎?
二代測(cè)序的建庫(kù)步驟②
二、片段化處理
物理方法:超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過(guò)超聲波的高頻振動(dòng)將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如,在一些文庫(kù)構(gòu)建中,將DNA樣本置于超聲破碎儀中,通過(guò)調(diào)整超聲功率和時(shí)間,可以將DNA片段化到幾百堿基對(duì)(bp)的長(zhǎng)度范圍,一般在150-300bp左右,這符合二代測(cè)序的讀長(zhǎng)要求。超聲破碎的優(yōu)點(diǎn)是片段大小比較均勻,但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù),否則可能會(huì)導(dǎo)致過(guò)度破碎或片段大小不一致。
酶切方法:利用限制性?xún)?nèi)切酶進(jìn)行片段化。限制性?xún)?nèi)切酶能夠識(shí)別特定的DNA序列,并在這些序列處切割DNA。例如,用EcoRⅠ酶可以識(shí)別GAATTC序列并進(jìn)行切割。通過(guò)選擇合適的限制性?xún)?nèi)切酶組合,可以將DNA切割成期望大小的片段。不過(guò),這種方法的局限性在于酶切位點(diǎn)的限制,可能無(wú)法獲得理想的片段大小分布,而且可能會(huì)引入酶切偏好性。
二代測(cè)序——RNA甲基化的概念、作用和檢測(cè)方法
RNA 甲基化概念及位置:RNA 甲基化是在 RNA 分子上添加甲基基團(tuán),其中 N6 - 甲基腺苷(m6A)是最常見(jiàn)的一種 RNA 甲基化修飾形式,它主要發(fā)生在 mRNA(信使 RNA)的腺嘌呤(A)殘基上。
作用
1、影響 RNA 的穩(wěn)定性:m6A 修飾可以影響 mRNA 的穩(wěn)定性。例如,一些帶有 m6A 修飾的 mRNA 更容易被降解,從而調(diào)控基因表達(dá)的時(shí)間和水平。2、調(diào)節(jié) RNA 的剪接和翻譯:m6A 修飾還能夠調(diào)節(jié) mRNA 的剪接過(guò)程,影響不同轉(zhuǎn)錄本的生成。同時(shí),它也可以在翻譯水平上發(fā)揮作用,影響蛋白質(zhì)合成的效率。
檢測(cè)方法
甲基化 RNA 免疫沉淀測(cè)序(MeRIP - Seq):這種方法主要是利用特異性識(shí)別 m6A 修飾的抗體,對(duì) RNA 進(jìn)行免疫沉淀富集,然后通過(guò)高通量測(cè)序來(lái)鑒定 m6A 修飾的位點(diǎn)和水平。 二代測(cè)序的使用場(chǎng)景都有哪些?
一代、二代、三代測(cè)序的區(qū)別分別是什么?
一代測(cè)序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開(kāi)創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測(cè)序,也稱(chēng)為Sanger測(cè)序。
二代測(cè)序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測(cè)序通量過(guò)低的問(wèn)題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對(duì)上百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測(cè)序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測(cè)序的目標(biāo)。
三代測(cè)序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測(cè)序技術(shù),這兩種技術(shù)的測(cè)序讀長(zhǎng)都可以達(dá)到幾-kb的級(jí)別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測(cè)序技術(shù)。 一代、二代、三代測(cè)序的區(qū)別是什么?甘肅嘉安健達(dá)二代測(cè)序價(jià)格
二代測(cè)序的過(guò)程有哪些?貴州嘉安健達(dá)二代測(cè)序價(jià)格
二代測(cè)序——甲基化的作用和檢測(cè)方法有哪些?
作用
基因表達(dá)調(diào)控:DNA 甲基化通常與基因沉默有關(guān)。例如,在**發(fā)生過(guò)程中,某些抑*基因的啟動(dòng)子區(qū)域(調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄起始的 DNA 序列)可能會(huì)發(fā)生高甲基化,導(dǎo)致這些基因無(wú)法正常表達(dá),從而失去對(duì)腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的抑制作用。
發(fā)育調(diào)控:在胚胎發(fā)育過(guò)程中,DNA 甲基化模式的動(dòng)態(tài)變化對(duì)于細(xì)胞分化和組織***形成至關(guān)重要。不同的細(xì)胞類(lèi)型具有特定的 DNA 甲基化圖譜,這些圖譜引導(dǎo)細(xì)胞向特定的方向分化。
檢測(cè)方法
亞硫酸鹽測(cè)序法:這是一種能夠精確檢測(cè) DNA 甲基化狀態(tài)的方法。其原理是利用亞硫酸鹽處理 DNA,未甲基化的胞嘧啶會(huì)被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶則保持不變。經(jīng)過(guò) PCR 擴(kuò)增和測(cè)序后,可以區(qū)分甲基化和未甲基化的位點(diǎn)。 貴州嘉安健達(dá)二代測(cè)序價(jià)格
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