《PNAS》解讀:糖基化修飾影響酶活和蛋白互作!
O-糖基化修飾(O-GlcNAcylation)是近年來發(fā)現(xiàn)的一種發(fā)生在細胞內(nèi)蛋白絲氨酸或者蘇氨酸殘基上的單糖修飾,其失調(diào)與腫LIU等人類疾病的發(fā)生和發(fā)展密切相關。研究表明O-糖基化修飾在結(jié)直腸AI等多種腫LIU中明顯上調(diào),然而其促進腫LIU發(fā)生和發(fā)展的機制有待進一步的研究。
2024年10月24日,浙江大學易文和朱強共同通訊在PNAS(IF=9.4)上發(fā)表了題為“O-GlcNAcylation of enolase 1 serves as a dual regulator of aerobic glycolysis and immune evasion in colorectal cancer”的研究成果。揭示O-糖基化通過調(diào)控烯醇化酶(enolase 1, E***)來影響結(jié)直腸AI糖代謝以及免疫逃逸的機制,強調(diào)干預E***糖基化可以作為結(jié)腸AI臨床治L的潛在策略。
圖形摘要:
Highlights如下:
1)E***在腫LIU組織中的表達明顯上調(diào);
2)E***的酶活性是CRC細胞增殖和腫LIU生長所必需的;
3)E***在蘇氨酸19(T19)上的O-糖基化增強了其酶活性;
4)抑制E***兩個位點的糖基化能聯(lián)合PD-L1單抗協(xié)同抑制結(jié)直腸腫LIU生長;
5)E***中絲氨酸249(S249)上的糖基化則抑制其與PD-L1的相互作用,并阻斷泛素連接酶STUB1介導的PD-L1泛素化以及蛋白酶體降解,促進了 PD-L1蛋白表達,進而JI活 PD-1/ PD-L1 介導的腫LIU免疫逃逸。
臨床相關性:
E***在腫LIU組織中的表達水平明顯高于正常組織。
功能研究:
E***的T19 O-糖基化促進糖酵解和結(jié)直腸腫LIU生長;S249 O-糖基化抑制抗腫LIU活性并促進結(jié)直腸腫LIU生長。
機制研究:
(1)確定E***的O-糖基化修飾2個位點T19/S249,其中T19 O-糖基化影響其活性
第一步,E***存在O-糖基化修飾
越來越多的證據(jù)表明,O-糖基化會影響幾種關鍵代謝酶的活性,從而調(diào)節(jié)細胞代謝。為了確定E***是否被O-糖基化修飾,化學酶標記實驗發(fā)現(xiàn)OGA(O-連接的N-乙酰葡糖胺水解酶(O-GlcNAcase,OGA)是生物體內(nèi)唯YI水解蛋白質(zhì)O-糖基修飾的糖苷酶。)抑制劑TMG或?O-GlcNAc轉(zhuǎn)移酶(OGT)過表達的情況下,O-糖基化信號明顯升高(圖1a)。隨后用質(zhì)量標記方法分析E***的O-糖基化水平,5kDa的PEG分子與疊氮標記的糖蛋白結(jié)合,導致WB信號的分子移位。通過量化移位帶和未移位帶之間的強度之比,發(fā)現(xiàn)正常條件下,內(nèi)源性E***的修飾率約為27%(圖1b)。在不同濃度的葡萄糖、谷氨酰胺或血清時,E*** O-糖基化水平呈劑量依賴性增加(圖1c-e)。
第二步,鑒定E***上的O-糖基化位點
共表達HA-OGT和Flag-E***后,anti-Flag IP-MS質(zhì)譜分析發(fā)現(xiàn)E***上鑒定到4個O-糖基化位點(T19、T26、S27和S249)。分別構(gòu)建T19A、T26A、S27A和S249A突變體進行化學酶標記實驗,T19A和S249A突變體明顯降低了O-糖基化信號。雙位點突變(T19A/S249A)使糖基化信號減少了約80%,表明T19和S249是E***上主要的糖基化位點(圖1f-g)。此外,不同物種之間的序列比較表明,T19和S249都是進化保守的(圖1h)。
第三步,E*** T19上的O-糖基化影響其酶活
E***敲除后外源表達WT、T19A或S249A E***發(fā)現(xiàn),T19A突變體,而不是S249A突變體,表現(xiàn)出明顯的活性降低(圖1i),使用TMG或過表達OGT處理同樣增加了WT和S249A E***的活性,但對T19A突變體沒有明顯影響(圖1i)。另外,在大腸桿菌中的共表達OGT和UDP-GlcNAc合成途徑中的關鍵酶,進一步驗證了該結(jié)果(圖1j)。表明E*** T19上的O-糖基化影響其酶活。
第四步,T19 O-糖基化促進形成E***二聚體增加E***活性
T19糖基化如何調(diào)控E***的活性?酶動力學研究發(fā)現(xiàn),在OGT過表達的情況下,WT和S249A E***產(chǎn)生2-p-甘油的比較大速度(Vmax)都比T19A E***高得多(圖1k)。隨后研究T19糖基化是否會影響E***的低聚物化狀態(tài)。Co-IP實驗發(fā)現(xiàn)T19A E***破壞E***之間的結(jié)合;TMG處理則增強WT之間的互作,但沒有增強T19A E***之間的互作(圖1l)。另外,使用水溶性的交聯(lián)劑BS3(可與蛋白質(zhì)上的伯胺(-NH2)反應,以穩(wěn)定E***的寡聚化狀態(tài))處理,發(fā)現(xiàn)O-糖基化增加了WT E***二聚體蛋白的數(shù)量,但對T19A突變體沒有明顯影響(圖1m)。表明T19 O-糖基化通過促進E***活性二聚體的形成來促進E***活性。
圖1 確定E***的O-糖基化修飾2個位點T19/S249,其中T19 O-糖基化影響其活性(Ref. Fig 2/S2)
(2)E***的S249 O-糖基化通過抑制STUB1和PD-L1的結(jié)合促進PD-L1的穩(wěn)定性
據(jù)報道,E***可以通過結(jié)合PD-L1增強PD-L1與E3連接酶STUB1的關聯(lián),從而增加細胞中PD-L1的降解。
第一步,預測分析E***和PD-L1之間的互作
基于AlphaFold2預測分析發(fā)現(xiàn)位于與PD-L1相互作用界面的E***的四個關鍵殘基(N52、K54、K197和E250)(圖2a-b)。
第二步,E***的E250介導與PD-L1相互作用
對每個殘基構(gòu)建N52A、K54A、K197A和E250A突變體,Co-IP分析發(fā)現(xiàn)E250突變?yōu)楸彼幔‥250A)明顯降低了E***與PD-L1之間的相互作用(圖2c)。另外,分析還發(fā)現(xiàn)E***的E250能夠與PD-L1上的R125形成臨界鹽橋,從而增強相互作用的穩(wěn)定性(圖2a)。表明E***的E250在介導PD-L1相互作用中的重要作用。
第三步,E***上E250附近S249糖基化影響其與PD-L1相互作用
構(gòu)建全長E***及其各種截斷突變體(N端區(qū)域、DNA結(jié)合域和C端區(qū)域),GST pulldown實驗顯示只有全長的E***和E***的C端區(qū)域(包含S249糖基化位點)顯示出與PD-L1的結(jié)合信號(圖2d)。提示靠近關鍵E250殘基的S249上的大量糖基化修飾可能會破壞與PD-L1的相互作用。Co-IP分析發(fā)現(xiàn),過表達WT E***明顯減少PD-L1水平;而過表達S249A E***,且無論是否存在OGT過表達,PD-L1均無明顯變化(圖2e-f)。進一步探討E*** O-糖基化對WT、T19A或S249A E***與內(nèi)源性PD-L1相互作用的影響。Co-IP分析顯示,過表達WT或T19A E***后,OGT過表達增加O-糖基化水平,但降低了E***與PD-L1互作,并伴有PD-L1蛋白水平的升高,而在過表達S249A E***的細胞中沒有觀察到這種作用(圖2g-h)。類似的,TMG處理也增加了WT E***重組細胞中的PD-L1蛋白水平,但在S249A重組細胞中沒有(圖2i-j)。表明E***上E250附近S249糖基化抑制其與PD-L1互作,降低PD-L1的蛋白水平。
第四步,E*** S249 O-糖基化通過蛋白酶體降解途徑抑制PD-L1的表達
Qpcr檢測發(fā)現(xiàn)OGT的過表達并未改變PD-L1 mRNA水平,表明PD-L1的調(diào)控機制與轉(zhuǎn)錄無關(圖2k)。分析PD-L1的半衰期,發(fā)現(xiàn)TMG可促進WT E***過表達細胞中PD-L1的穩(wěn)定性,但對S249A E***過表達細胞無促進作用。此外,蛋白酶體抑制劑MG132,而不是溶酶體抑制劑氯喹(CQ)或自噬抑制劑3-甲基腺嘌呤(3-MA),挽救了S249A E***過表達細胞中PD-L1的降解(圖2l),表明E*** S249 O-糖基化通過蛋白酶體降解途徑抑制PD-L1的表達。
圖2 E***上E250附近S249糖基化影響其與PD-L1相互作用(Ref. Fig 4/S4/S5)
第五步,E***促進PD-L1與STUB1的結(jié)合
據(jù)報道,E***通過募集E3連接酶STUB1調(diào)節(jié)PD-L1的蛋白酶體降解。敲減STUB1,PD-L1表達增加(圖3a)。IP-WB實驗發(fā)現(xiàn)PD-L1泛素化降低,證實STUB1是CRC細胞中PD-L1的E3連接酶(圖3a)。此外,E***的缺失增加了PD-L1水平,IP-WB顯示PD-L1泛素化降低,重新表達WT E***逆轉(zhuǎn)了這種效應(圖3b-c)。相反,過表達E***可抑制PD-L1的表達,敲減STUB1,則抑制作用被消除(圖3d)。另外,內(nèi)源性Co-IP實驗發(fā)現(xiàn)E***的缺失抑制PD-L1與STUB1互作(圖3e),而E***過表達則以劑量依賴性的方式增強PD-L1與STUB1互作(圖3f)。GST pulldown實驗也證實該結(jié)果(圖3g)。表明E***促進了PD-L1與STUB1的結(jié)合。
第六步,E***糖基化通過減少PD-L1與STUB1的結(jié)合來抑制PD-L1的蛋白酶體降解
推測E***糖基化通過減少PD-L1與STUB1的結(jié)合來抑制PD-L1的蛋白酶體降解(圖3h)。為了驗證這一點,Co-IP分析發(fā)現(xiàn),在WT E***過表達細胞中,TMG處理后,降低PD-L1泛素化及其與STUB1的互作,但在S249A E***過表達細胞中沒有降低(圖3i)。此外,WB檢測顯示,過表達OGT可增強WT E***過表達細胞中PD-L1的表達,而在S249A E***過表達細胞中則無此作用。而敲減STUB1抵消這種增加(圖3j)。
表明E***糖基化阻斷了其與PD-L1的相互作用,減少了STUB1與PD-L1的相互作用,從而抑制了STUB1介導的泛素化和PD-L1的蛋白酶體降解。
圖3 E***糖基化通過減少PD-L1與STUB1的結(jié)合來抑制PD-L1的蛋白酶體降解(Ref. Fig 4/S6/S7)
結(jié)論:研究人員發(fā)現(xiàn)E***的表達水平在結(jié)腸AI組織中明顯上調(diào)。功能上,E***促進腫LIU生長。機制上,質(zhì)譜分析和實驗驗證提示蘇氨酸19位(T19)以及絲氨酸249位(S249)是E***上主要的糖基化修飾位點。一方面,T19的糖基化通過促進活性二聚體的形成提高了其酶活性,促進腫LIU生長;另一方面,研究團隊發(fā)現(xiàn)S249的糖基化抑制了E***與PD-L1的互作,并阻斷了STUB1介導的PD-L1泛素化以及蛋白酶體降解,促進了 PD-L1蛋白表達,進而JI活 PD-1/ PD-L1 介導的腫LIU免疫逃逸。此外,抑制E***兩個位點的糖基化能聯(lián)合PD-L1單抗協(xié)同抑制結(jié)直腸腫LIU生長。提示E***的糖基化在結(jié)直腸AI臨床免疫治L和檢測中具有重要的意義。