基因檢測**前沿的兩種方法是:高通量測序(NGS)和數(shù)字PCR (dPCR)。
高通量測序技術(shù)又稱“下一代”測序技術(shù),可以一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,功能強大,但是實驗操作較復雜,數(shù)據(jù)分析難度較大,檢測周期長,成本較高。數(shù)字PCR技術(shù)是目前**精細**靈敏的基因檢測技術(shù),借助微液滴或微腔室,通過單個模板分子的PCR擴增,可實現(xiàn)不依賴于標準曲線和參照樣本的***定量。與NGS相比,數(shù)字PCR靈敏度高、檢測速度快、操作簡便、結(jié)果易讀、成本低廉等優(yōu)勢使其更適合臨床檢測,成為精細醫(yī)療實現(xiàn)平民化、大眾化的比較好選擇。
此外,數(shù)字PCR還在基因表達差異研究、拷貝數(shù)變異(CNV)研究、低豐度DNA模板分子的精確定量、甲基化含量鑒定、二代測序輔助建庫、CRISPR-Cas9基因編輯結(jié)果驗證、轉(zhuǎn)基因成分的檢測、移植排異監(jiān)控、腸道菌群分析以及***基因組檢測等眾多領域中有著優(yōu)異的應用。
分辨率——低至0.1倍基因表達差異。常州MicroDrop-100數(shù)字PCR原理
MicroDrop-100微滴式數(shù)字PCR是具有國內(nèi)自主知識產(chǎn)權(quán)的第三代JUE對定量PCR系統(tǒng),整套系統(tǒng)由MicroDrop-100A微滴生成儀、 MicroDrop-100B微滴檢測儀以及結(jié)果數(shù)據(jù)分析設備等構(gòu)成。系統(tǒng)通過自主設計的微流控芯片,利用油水相不兼容的原理,在2分鐘時間內(nèi)將PCR體系分割成100,000油包水的體系,每個體系為**的PCR反應體系,體積約為0.2nL,單次實驗一次可生成8個樣本的油包水體系。由于油包水體系的分割效應,使得數(shù)字PCR受PCRYi制物的影響相對較小,有利于復雜環(huán)境樣本的實驗操作。區(qū)別于熒光定量PCR的過程性判讀方法,數(shù)字PCR結(jié)果判讀為終點法,故其對PCR擴增效率的依賴也相對較小。 蘇州國產(chǎn)數(shù)字PCR代理商線性范圍達到6個數(shù)量級,靈敏度低至萬分之一。
研究方向
病原微生物的檢測(***、細菌等)
疾病預防控制中心、出入境檢驗檢疫局系統(tǒng)的實驗室目前主要采用基于TaqMan探針法的定量PCR體系對病原微生物進行核酸水平的檢測,而這些目前正在使用著的檢測體系可以無縫地轉(zhuǎn)移到QX200上,從而滿足該類實驗室對于檢測結(jié)果的要求:靈敏度更高、重復性更好、無需依賴標準曲線的***定量結(jié)果,同時操作簡便。
對于其他類型的研究實驗室,也可以利用ddPCR靈敏度高的特點,對各種樣品中的病原微生物展開***的研究。如HIV抗逆轉(zhuǎn)錄***治療過程中***殘留量的監(jiān)控;HBV耐藥突變的檢測;HCV的分子分型;抗甲氧西林金黃色葡萄球菌的院內(nèi)***監(jiān)控;環(huán)境微生物不同功能基因之間的連鎖分析等等。
定量PCR和數(shù)字PCR的特點:
5. 目前定量PCR已經(jīng)能實現(xiàn)高通量樣品條件下的自動化操作。
6. 數(shù)字PCR在單分子層面上的***定量,可以徹底擺脫對標準曲線的依賴而直接給出靶序列的拷貝數(shù),提高了實驗結(jié)果在批內(nèi)和批間的穩(wěn)定性,甚至能用來對標準品進行定標。
7. 基于***定量的方式,數(shù)字PCR結(jié)果的高重復性和高精度可實現(xiàn)微小差異的基因表達分析,如等位基因的不平衡表達、單細胞基因表達分析、microRNA表達分析等等。所謂“微小差異”的標準一般而言是指表達水平的差異在2倍以內(nèi)。
8. 同等條件下,數(shù)字PCR在靈敏度方面擁有優(yōu)勢,使得該技術(shù)已成為**的液態(tài)活檢、病原微生物檢測、轉(zhuǎn)基因成分測定、宿主殘留DNA分析等的熱門技術(shù)。
CNV(Copy Number Variations,拷貝數(shù)變異)研究需要極高的定量精度以區(qū)別不同拷貝數(shù)之間的微小差異,測序方法適用于高于30%的變異率檢測,而qPCR的比較**辨在1.5倍左右,數(shù)字PCR通過直接計數(shù)目標基因與參照基因( 拷貝數(shù)為1的基因,例如RNaseP) 的數(shù)目,計算比值,直接得到目標基因的拷貝數(shù)可以達到極高的拷貝數(shù)分辨精度。
除此之外,dPCR在病原微生物檢測、microRNA研究、基因表達研究、NGS測序文庫的***定量、表觀遺傳學直接相關(guān)的DNA甲基化定量檢測、ChIP定量鑒定等領域的應用都令人極為期待,而在轉(zhuǎn)基因成分鑒定、分子標準品精確定量、環(huán)境樣本檢測等具體的應用方向上,已經(jīng)有大量實驗數(shù)據(jù)和結(jié)果證明了dPCR技術(shù)的優(yōu)良性能。
20微升體系生成100,000微滴。蘇州國產(chǎn)數(shù)字PCR代理商
關(guān)于甲基化含量的鑒定。常州MicroDrop-100數(shù)字PCR原理
數(shù)字PCR檢測及分析原理在上世紀90年代就被提出來了,但是無奈受限于當時的技術(shù)條件,樣本稀釋及分配都是靠手工來完成的,受到很多因素的干擾和限制;并且結(jié)果分析對于研究者來說也十分枯燥與繁瑣,因此在很長一段時間dPCR發(fā)展停滯不前。后來由于微流控技術(shù)與微納集成制造工藝的發(fā)展解決了dPCR過程中的幾個關(guān)鍵技術(shù)問題,推動了dPCR的研究與商業(yè)化的發(fā)展。
目前根據(jù)dPCR樣本稀釋分配的方式,基本可分為三大類,一種是基于大規(guī)模集成微流控芯片;第二種是使用微反應室/孔板;第三種是微滴式。但不論是走芯片式還是微滴式,其基本原理都是將大量稀釋后的核酸溶液分散至芯片的微反應器或者微滴當中,每個反應器的核酸模板數(shù)少于1或者等于1。經(jīng)過PCR擴增之后,有一個核酸分子的模板的反應器就會給出熒光信號,沒有模板的反應器沒有熒光信號。根據(jù)相對比例和反應器的體積,可以推算出原始溶液的核酸濃度。 常州MicroDrop-100數(shù)字PCR原理
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