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二代測(cè)序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展③
技術(shù)優(yōu)化與創(chuàng)新領(lǐng)域
測(cè)序準(zhǔn)確性提高:通過改進(jìn)測(cè)序試劑、優(yōu)化測(cè)序反應(yīng)條件以及開發(fā)更先進(jìn)的數(shù)據(jù)分析算法,二代測(cè)序技術(shù)的準(zhǔn)確性不斷提升,能夠更可靠地檢測(cè)到低頻變異和復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異等。
成本進(jìn)一步降低:隨著技術(shù)的不斷成熟和市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)的加劇,二代測(cè)序的成本持續(xù)下降,使得更多的研究機(jī)構(gòu)和臨床實(shí)驗(yàn)室能夠廣泛應(yīng)用該技術(shù),推動(dòng)了基因組學(xué)研究和臨床診斷的發(fā)展。
法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域
遺傳標(biāo)記檢測(cè):現(xiàn)有的二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)能夠完成 STR 遺傳標(biāo)記、SNP 遺傳標(biāo)記、mtDNA 及 mRNA 等遺傳標(biāo)記的測(cè)序,為法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別、親緣關(guān)系鑒定等提供了更豐富、準(zhǔn)確的遺傳信息。
技術(shù)應(yīng)用挑戰(zhàn)與應(yīng)對(duì):測(cè)序試劑盒中部分遺傳標(biāo)記的優(yōu)化、針對(duì)中國(guó)人群測(cè)序需求的試劑盒開發(fā)、數(shù)據(jù)采信標(biāo)準(zhǔn)的制定、測(cè)序數(shù)據(jù)分析軟件的優(yōu)化以及與現(xiàn)有法醫(yī)遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的對(duì)接等,是二代測(cè)序技術(shù)在法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域廣泛應(yīng)用的關(guān)鍵,相關(guān)研究正在不斷推進(jìn)以解決這些問題 。 一代和二代測(cè)序的區(qū)別?福建哪里有二代測(cè)序技術(shù)
對(duì)于二代測(cè)序的概念是什么?
第二代測(cè)序(Next-generationsequencing,NGS)又稱為高通量測(cè)序(High-throughputsequencing),是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來的DNA測(cè)序技術(shù)。我們都知道一代測(cè)序?yàn)楹铣山K止測(cè)序,而二代測(cè)序開創(chuàng)性的引入了可逆終止末端,從而實(shí)現(xiàn)邊合成邊測(cè)序(SequencingbySynthesis)。二代測(cè)序在DNA復(fù)制過程中通過捕捉新添加的堿基所攜帶的特殊標(biāo)記(一般為熒光分子標(biāo)記)來確定DNA的序列,現(xiàn)有的技術(shù)平臺(tái)主要包括Roche的454FLX、lllumina的Miseq/Hiseg等。2005年,羅氏推出了二代測(cè)序儀羅氏454,生命科學(xué)開始進(jìn)入高通量測(cè)序時(shí)代。2006年,隨著Ilumina系列測(cè)序平臺(tái)的推出,極大降低了二代測(cè)序的價(jià)格,推動(dòng)了高通量測(cè)序在生命科學(xué)各個(gè)研究領(lǐng)域的普及。 福建二代測(cè)序二代測(cè)序需要分析嗎?
④二代測(cè)序一般多久出結(jié)果?
4、數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜程度
數(shù)據(jù)分析是二代測(cè)序的重要環(huán)節(jié)。簡(jiǎn)單的分析,如檢測(cè)已知的單核苷酸多態(tài)性(SNP),可以通過與參考基因組比對(duì)后利用一些成熟的軟件快速完成。但如果是進(jìn)行復(fù)雜的分析,如尋找新的基因融合事件、復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異的檢測(cè)或者進(jìn)行從頭組裝(denovoassembly),則需要更復(fù)雜的算法和更多的計(jì)算資源,花費(fèi)的時(shí)間可能從數(shù)天到數(shù)周。例如,對(duì)于常規(guī)的SNP檢測(cè)和注釋,數(shù)據(jù)分析可能在1-3天內(nèi)完成;而對(duì)于**樣本中復(fù)雜的基因融合分析,可能需要3-7天甚至更長(zhǎng)時(shí)間來確保結(jié)果的準(zhǔn)確性。
二代測(cè)序——質(zhì)量控制類問題
如何評(píng)估二代測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量:主要通過一些質(zhì)量指標(biāo)來評(píng)估,如Q值(質(zhì)量值)分布,用于衡量每個(gè)堿基的測(cè)序質(zhì)量;堿基含量分布,檢查四種堿基的比例是否正常;GC含量分布,看是否與預(yù)期的基因組GC含量相符;序列重復(fù)度,評(píng)估數(shù)據(jù)中重復(fù)序列的比例;比對(duì)率,即測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組比對(duì)上的比例等。影響二代測(cè)序質(zhì)量的因素有哪些:樣本質(zhì)量是關(guān)鍵因素之一,如DNA的純度、完整性和濃度等會(huì)影響文庫(kù)構(gòu)建和測(cè)序結(jié)果;文庫(kù)構(gòu)建過程中的操作不當(dāng),如片段化過度、接頭連接效率低等;測(cè)序儀器的性能和運(yùn)行狀態(tài),包括試劑的質(zhì)量、測(cè)序芯片的質(zhì)量、儀器的校準(zhǔn)等;生物信息學(xué)分析過程中的參數(shù)設(shè)置和算法選擇也會(huì)對(duì)**終的結(jié)果質(zhì)量產(chǎn)生影響。 什么是二代測(cè)序技術(shù)?
二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程(下)
測(cè)序
根據(jù)研究需求和預(yù)算選擇合適的測(cè)序平臺(tái),如 Illumina 測(cè)序平臺(tái)。它的測(cè)序原理主要是邊合成邊測(cè)序(SBS)。在測(cè)序過程中,dNTP(脫氧核糖核苷三磷酸)帶有不同顏色的熒光標(biāo)記,當(dāng)新的 dNTP 加入到正在合成的 DNA 鏈時(shí),通過檢測(cè)熒光信號(hào)來確定堿基類型,從而讀取 cDN**段的序列。測(cè)序深度(覆蓋度)也是一個(gè)重要參數(shù),一般來說,測(cè)序深度越高,檢測(cè)到的低表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的概率就越大,但成本也會(huì)相應(yīng)增加。
數(shù)據(jù)分析
數(shù)據(jù)質(zhì)量控制是第一步,要去除低質(zhì)量的 reads(如含有較多不確定堿基 “N” 的 reads)和接頭序列。然后將高質(zhì)量的 reads 比對(duì)到參考基因組或轉(zhuǎn)錄組上,常用的比對(duì)軟件有 TopHat、STAR 等。在確定了 reads 的位置后,就可以計(jì)算轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量,常用的方法有 RPKM(Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads)、FPKM(Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments)等。此外,還可以進(jìn)行差異表達(dá)分析,找出在不同樣本條件下(如疾病組和健康組)表達(dá)量有***差異的轉(zhuǎn)錄本,用于后續(xù)的功能注釋和通路分析,了解這些轉(zhuǎn)錄本可能參與的生物學(xué)過程和信號(hào)通路。 二代測(cè)序結(jié)果怎么分析?陜西二代測(cè)序應(yīng)用
宏基因組測(cè)序也是二代測(cè)序。福建哪里有二代測(cè)序技術(shù)
③二代測(cè)序一般多久出結(jié)果?
3、測(cè)序深度和覆蓋度要求
測(cè)序深度是指每個(gè)堿基被測(cè)序的平均次數(shù),覆蓋度是指測(cè)序獲得的堿基占整個(gè)基因組(或目標(biāo)區(qū)域)的比例。如果要求高測(cè)序深度和高覆蓋度,比如進(jìn)行**全基因組的深度測(cè)序(測(cè)序深度可能達(dá)到100X甚至更高),需要更長(zhǎng)的測(cè)序時(shí)間來獲取足夠的數(shù)據(jù),并且后續(xù)的數(shù)據(jù)處理和分析也會(huì)更復(fù)雜。而對(duì)于一些簡(jiǎn)單的基因篩查項(xiàng)目,測(cè)序深度要求較低(如10X-20X),相應(yīng)的測(cè)序和分析時(shí)間會(huì)縮短。例如,低深度全外顯子測(cè)序用于篩查常見突變,測(cè)序可能在3-5天完成;而高深度的全外顯子測(cè)序用于檢測(cè)低頻體細(xì)胞突變,可能需要7-10天甚至更久。 福建哪里有二代測(cè)序技術(shù)