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江蘇二代測序應用

來源: 發(fā)布時間:2024-12-12

二代測序的建庫步驟②

二、片段化處理

物理方法:超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如,在一些文庫構建中,將DNA樣本置于超聲破碎儀中,通過調整超聲功率和時間,可以將DNA片段化到幾百堿基對(bp)的長度范圍,一般在150-300bp左右,這符合二代測序的讀長要求。超聲破碎的優(yōu)點是片段大小比較均勻,但操作需要優(yōu)化超聲參數,否則可能會導致過度破碎或片段大小不一致。

酶切方法:利用限制性內切酶進行片段化。限制性內切酶能夠識別特定的DNA序列,并在這些序列處切割DNA。例如,用EcoRⅠ酶可以識別GAATTC序列并進行切割。通過選擇合適的限制性內切酶組合,可以將DNA切割成期望大小的片段。不過,這種方法的局限性在于酶切位點的限制,可能無法獲得理想的片段大小分布,而且可能會引入酶切偏好性。 二代測序的流程有哪些?江蘇二代測序應用

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二代測序——蛋白質甲基化

概念及位置:蛋白質甲基化是指在蛋白質的氨基酸殘基上添加甲基基團。常見的甲基化修飾位點包括精氨酸(Arg)和賴氨酸(Lys)殘基。

作用

1、調節(jié)蛋白質 - 蛋白質相互作用:例如,組蛋白(染色體的組成成分)的甲基化可以改變染色質的結構和功能,影響基因的可及性。當組蛋白 H3 的賴氨酸殘基(如 H3K4、H3K9 等)發(fā)生甲基化時,會招募不同的蛋白質復合物,從而***或抑制基因轉錄。2、調節(jié)酶的活性:某些酶的活性可以通過蛋白質甲基化來調節(jié)。甲基化可能改變酶的活性中心的結構或者影響其與底物的結合能力。

檢測方法:質譜分析:這是一種***用于檢測蛋白質甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質分子的質量,通過比較甲基化和未甲基化蛋白質的質譜圖,可以鑒定甲基化位點和修飾程度。 北京哪里有二代測序價格二代測序即高通量測序技術。

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什么樣本可以做二代測序?③

細胞樣本

培養(yǎng)細胞:包括各種原代培養(yǎng)細胞和細胞系。在基礎醫(yī)學研究中,對培養(yǎng)的細胞進行測序可以了解細胞的基因特征和功能變化。例如,在研究細胞信號轉導通路時,對經過特定刺激處理的培養(yǎng)細胞進行轉錄組測序,以分析基因表達的上調或下調情況。

脫落細胞:如痰液中的脫落細胞、尿液中的脫落細胞等。這些細胞可以用于某些疾病的篩查。例如,在肺*篩查中,對痰液中的脫落細胞進行基因檢測,通過二代測序尋找肺*相關的基因突變,作為一種非侵入性的檢測方法。

二代測序不同應用場景下的速度有多快?

病原微生物檢測:一般來說,二代測序用于檢測病原微生物時,能夠在幾個小時到一天左右出結果。比如在快速檢測血液中的病原微生物時,通??梢栽趲讉€小時內獲得檢測結果,相比傳統(tǒng)的血液培養(yǎng)方法,時間大幅縮短,傳統(tǒng)血液培養(yǎng)一般需要幾天到一周的時間 。

全基因組測序:如果是對人類全基因組進行測序,以目前的技術水平,使用二代測序技術完成一個人的全基因組測序,一般需要 1-2 天左右的時間。而在十幾年前,人類全基因組測序計劃***完成時,耗費了大量的時間和精力,相比之下二代測序技術的速度提升***。

轉錄組測序:轉錄組測序的時間相對較短,一般幾個小時內可以完成對大量 RNA 分子的測序和初步數據分析,進而快速了解基因在特定條件下的表達情況8. 二代測序是一種能夠同時對數百萬甚至數十個億DNA片段進行測序的方法。

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二代測序的應用領域有哪些?

基因組學研究:用于全基因組測序,快速獲取物種的基因組序列信息,研究基因組結構、變異、進化等;進行全外顯子組測序,重點關注編碼蛋白質的外顯子區(qū)域,發(fā)現與疾病相關的基因突變。

轉錄組學研究:通過對轉錄組進行測序,可分析基因的表達水平、可變剪接、新轉錄本發(fā)現等,有助于深入了解基因在不同生理和病理狀態(tài)下的表達調控機制。

疾病診斷與***:在遺傳病診斷中,能夠檢測出導致遺傳病的基因突變,為疾病的診斷、遺傳咨詢和產前診斷提供依據;在**研究中,可分析腫瘤細胞的基因突變、拷貝數變異、基因融合等,為**的早期診斷、靶向***和預后評估提供支持。

藥物研發(fā):用于藥物靶點的發(fā)現和驗證,通過分析疾病相關的基因變異和表達變化,確定潛在的藥物作用靶點;還可進行藥物基因組學研究,預測患者對藥物的反應和不良反應,實現個體化藥物***。

微生物學研究:對微生物群落進行宏基因組測序,無需培養(yǎng)即可分析微生物的種類、豐度和功能基因,了解微生物群落的結構和動態(tài)變化,研究微生物與宿主的相互作用,以及在環(huán)境科學、農業(yè)、醫(yī)學等領域的應用


二代測序常用于醫(yī)學篩查或診斷。南京二代測序檢測

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二代測序技術的一些***研究進展①

疾病診斷與***領域 :消化系統(tǒng)**標志物檢測:2024 年的**共識指出,二代測序(NGS)技術可同時檢測消化系統(tǒng)**中的多種標志物,如錯配修復基因變異、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)狀態(tài)、**突變負荷(TMB)等,為**的精細***提供了更***、準確的信息。例如,MSI-H 的實體瘤患者可使用帕博利珠單抗進行***,而 NGS 技術能更好地檢測 MSI 狀態(tài)及相關耐藥機制。

**液體活檢:通過檢測血液中的循環(huán)** DNA(ctDNA)等標志物,實現對**的早期篩查、診斷和***監(jiān)測。NGS 技術能夠更敏感地檢測到 ctDNA 中的基因突變和變異,為**的無創(chuàng)診斷提供了有力支持。


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標簽: 二代測序
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