二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異①
**患者
優(yōu)勢:對于**患者,二代測序技術(shù)準(zhǔn)確性相對較高,在**的診斷、***及監(jiān)測等方面應(yīng)用***。比如肺*患者,通過檢測**組織或血液中的基因突變,可準(zhǔn)確找到如EGFR、ALK等驅(qū)動基因突變,為靶向***提供依據(jù),其準(zhǔn)確率通常在90%以上。在軟組織**中,二代測序能檢測到**組織的基因信息,包括突變基因、基因表達(dá)情況等,幫助醫(yī)生更準(zhǔn)確地診斷病情,并制定個性化的***方案。
局限性:腫瘤細(xì)胞的異質(zhì)性會影響檢測準(zhǔn)確性,若樣本中腫瘤細(xì)胞比例低或存在多種類型細(xì)胞,可能導(dǎo)致部分基因突變漏檢,影響對**基因組全貌的評估。此外,血液樣本中循環(huán)**DNA含量低且釋放不穩(wěn)定,也會使檢測結(jié)果存在波動,影響準(zhǔn)確性 基因組重測序是二代測序嗎?寧夏哪里有二代測序流程
二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異③
孕婦及胎兒
優(yōu)勢:無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)是二代測序技術(shù)用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應(yīng)用,對于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準(zhǔn)確率分別能達(dá)到95%、85%、75%以上,明顯高于傳統(tǒng)血清學(xué)篩查。
局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養(yǎng)細(xì)胞,可能與胎兒實際情況不一致,導(dǎo)致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等,會使外周血中游離DNA含量過高,掩蓋胎兒來源的游離DNA,造成假陰性510. 新疆哪里有二代測序應(yīng)用一代、二代、三代測序的區(qū)別是什么?
二代測序的建庫步驟③
三、末端修復(fù)和加A尾(以DNA文庫為例)
末端修復(fù):經(jīng)過片段化后的DNA末端可能是不平齊的,有5'-突出端或3'-突出端。末端修復(fù)反應(yīng)可以利用T4DNA聚合酶、Klenow片段等酶,將這些末端補(bǔ)平,使其成為平末端。T4DNA聚合酶具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性,在合適的反應(yīng)緩沖液和dNTP(脫氧核糖核苷三磷酸)存在下,可以將突出的末端補(bǔ)平。
加A尾:在末端修復(fù)后的平末端DNA分子的3'-末端加上一個A堿基。這一步是為了后續(xù)連接帶有T-突出端的接頭做準(zhǔn)備,一般使用Klenow片段(3'→5'外切酶活性缺失)在dATP存在下進(jìn)行加A反應(yīng),這樣可以使DNA片段能夠高效地與帶有T-突出端的測序接頭連接。
什么樣本可以做二代測序?②
組織樣本
新鮮組織:如手術(shù)切除的**組織、活檢組織等。新鮮組織樣本中的細(xì)胞完整性較好,能夠提供高質(zhì)量的DNA和RNA。在**研究中,對新鮮**組織進(jìn)行全基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序等,可以深入了解**的基因突變、基因表達(dá)變化等情況。例如,在研究結(jié)直腸*的發(fā)病機(jī)制時,對手術(shù)切除的結(jié)直腸*組織及其*旁組織進(jìn)行測序,比較兩者之間的差異,以發(fā)現(xiàn)**相關(guān)的基因變異和表達(dá)調(diào)控異常。
福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織:這是臨床上常用的保存組織樣本的方式。FFPE組織中的DNA和RNA會有一定程度的損傷和降解,但經(jīng)過適當(dāng)?shù)奶崛『托迯?fù)處理后,仍然可以用于二代測序。在回顧性研究中,大量的FFPE組織存檔樣本可以被利用起來。例如,對多年前保存的乳腺*FFPE組織進(jìn)行測序,研究乳腺*的疾病進(jìn)展和***反應(yīng)相關(guān)的基因變化。 什么是二代測序技術(shù)?
二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異②
遺傳病患者及攜帶者
優(yōu)勢:在常見單基因遺傳病如囊性纖維化、鐮狀細(xì)胞貧血等的檢測中,二代測序技術(shù)準(zhǔn)確性高,能夠快速、準(zhǔn)確地找到致病基因,對于有家族遺傳病史的人群,可有效確定是否攜帶致病基因,評估生育患病后代的風(fēng)險。
局限性:對于罕見遺傳病,由于基因突變的多樣性和復(fù)雜性,可能存在部分致病基因未被覆蓋或難以準(zhǔn)確解讀的情況,導(dǎo)致準(zhǔn)確性有所降低。此外,即使檢測結(jié)果為陰性,也不能完全排除患病可能,因部分遺傳病可能由未知基因突變或基因與環(huán)境相互作用引起2 二代測序常用于醫(yī)學(xué)篩查或診斷。新疆二代測序檢測
二代測序廣泛應(yīng)用于個性化醫(yī)學(xué)。寧夏哪里有二代測序流程
④二代測序一般多久出結(jié)果?
4、數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜程度
數(shù)據(jù)分析是二代測序的重要環(huán)節(jié)。簡單的分析,如檢測已知的單核苷酸多態(tài)性(SNP),可以通過與參考基因組比對后利用一些成熟的軟件快速完成。但如果是進(jìn)行復(fù)雜的分析,如尋找新的基因融合事件、復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異的檢測或者進(jìn)行從頭組裝(denovoassembly),則需要更復(fù)雜的算法和更多的計算資源,花費的時間可能從數(shù)天到數(shù)周。例如,對于常規(guī)的SNP檢測和注釋,數(shù)據(jù)分析可能在1-3天內(nèi)完成;而對于**樣本中復(fù)雜的基因融合分析,可能需要3-7天甚至更長時間來確保結(jié)果的準(zhǔn)確性。 寧夏哪里有二代測序流程
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