單顆粒冷凍電鏡技術(shù)二維圖像分析——顆粒圖像的匹配與分類:二維顆粒圖像的分類是獲取三維結(jié)構(gòu)過程的第一步。對(duì)二維圖像的分析包括兩部分:顆粒圖像的匹配和顆粒圖像的分類。匹配的過程通常會(huì)對(duì)顆粒圖像應(yīng)用一些變換操作,通過關(guān)聯(lián)函數(shù)去判斷不同顆粒圖像之間的相似程度。圖像匹配的算法主要分為兩種,即不依賴模型的方法和基于模型的方法,取決于是否存在利用樣本先驗(yàn)信息得到的模板。隨著圖像匹配的完成,顆粒圖像需要進(jìn)行分類。主要利用多元統(tǒng)計(jì)分析和主成分分析方法等算法,其他流行的二維顆粒分類技術(shù)還有神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)分類,將圖像在二維空間自組織映射(self-organisingmapping,SOM)再進(jìn)行分類和排序。二維圖像分析的目的是,首先通過圖像匹配消除旋轉(zhuǎn)和平移的誤差,利用類內(nèi)緊致、類間離散的原則進(jìn)行圖像分類,較終可以對(duì)類內(nèi)顆粒圖像進(jìn)行平均,提高信噪比,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)高分辨率三維結(jié)構(gòu)的構(gòu)建。冷凍電鏡技術(shù)之冷凍透射電鏡優(yōu)點(diǎn):加速電壓高,電子能穿透厚樣品。寧波冷凍電鏡單顆粒技術(shù)
冷凍電鏡技術(shù)的儀器結(jié)構(gòu):(1)圖像記錄系統(tǒng):收集來自樣品的電子信號(hào),在熒光屏上形成圖像。(2)電子槍:產(chǎn)生電子束的部分,聚光鏡系統(tǒng)負(fù)責(zé)將電子束聚焦到樣本樣品上。(3)圖像生成系統(tǒng):由物鏡,中間和投影儀鏡頭以及可移動(dòng)平臺(tái)組成。冷凍電鏡已經(jīng)能解析出生物大分子的原子級(jí)分辨率(0.2-0.3nm)結(jié)構(gòu),但是這一結(jié)果離物理極限還有較大距離。長(zhǎng)久以來,冷凍電鏡在結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域取得了巨大成功,目前,多構(gòu)象蛋白的三維分類問題和生物大分子的動(dòng)力學(xué)分析依然是充滿挑戰(zhàn)的研究方向,新型的算法發(fā)展也將主要圍繞這些問題展開。而作為一種低信號(hào)源激發(fā)測(cè)試技術(shù),冷凍電鏡技術(shù)在一些對(duì)電子束、熱敏感材料,如鈣鈦礦材料、某些高分子材料、水凝膠、量子點(diǎn)等精細(xì)結(jié)構(gòu)的物理表征與機(jī)理研究中也具有巨大的應(yīng)用潛力。他山之石,可以攻玉。隨著硬件設(shè)備與模擬算法的改進(jìn),這項(xiàng)帶著結(jié)構(gòu)生物化學(xué)研究邁入新紀(jì)元的技術(shù),未來必定擁有更加廣闊的應(yīng)用前景。廈門透射電子顯微鏡技術(shù)服務(wù)電話冷凍電鏡技術(shù)之冷凍蝕刻電子顯微鏡優(yōu)點(diǎn):冷凍蝕刻的樣品,經(jīng)鉑、碳噴鍍而制備的復(fù)型膜具有很強(qiáng)的立體感。
冷凍電子顯微技術(shù)的發(fā)展與完善經(jīng)歷了復(fù)雜而艱辛的探索,下面,我們將深入解析冷凍電子顯微鏡的工作原理、流程與儀器結(jié)構(gòu),揭開它的廬山真面目。樣品制備:樣品快速冷凍技術(shù):樣品的原位冷凍固定處理是低溫電子顯微鏡標(biāo)本制備的開始。冷凍電鏡采用的快速冷凍技術(shù)關(guān)鍵在于“快速”。這是由于:采用常規(guī)冷凍手段,水分子會(huì)在氫鍵作用下形成冰晶,一來會(huì)改變樣品結(jié)構(gòu),二來在成像過程中,冰晶體會(huì)產(chǎn)生強(qiáng)烈的電子衍射掩蓋樣品信號(hào)。而當(dāng)冷凍速率足夠快時(shí),水分子在形成晶體之前就會(huì)凝固成無定形的玻璃態(tài)冰,具有非晶態(tài)特性,保證了在電子束探測(cè)成像的過程中不會(huì)對(duì)樣品成像造成干擾。冷凍固定時(shí),樣品首先放置在由液氮冷卻的容器中,隨后被快速浸入液態(tài)乙烷中。采用液態(tài)乙烷作為冷凍劑的目的是為了使冷凍速率足夠快,在冷凍過程中,樣品將以每秒104至106K的速度被快速冷卻。生物樣品中的水被玻璃化冷凍后,樣品結(jié)構(gòu)就得到了保持和固定,同時(shí)玻璃化冰也不會(huì)在真空環(huán)境中揮發(fā),在一定程度上保護(hù)了樣品免受電子輻射的損傷。
冷凍電子顯微鏡技術(shù)步驟之圖像采集:冷凍的樣品通過專門的設(shè)備一冷凍輸送器轉(zhuǎn)移到電鏡的樣品室。在照相之前,必須觀察樣品中的水是否處于玻璃態(tài),如果不是則應(yīng)重新制備樣品。由于生物樣品對(duì)高能電子的輻射敏感,照相時(shí)必須使用較小曝光技術(shù)。經(jīng)過透射電子顯微鏡中一系列復(fù)雜的過程,較終在記錄介質(zhì)上會(huì)形成樣品放大幾千倍至幾十萬倍的圖像。利用計(jì)算機(jī)對(duì)這些放大的圖像進(jìn)行處理分析即可獲得樣品的精細(xì)結(jié)構(gòu)。近年來,一個(gè)技術(shù)上的重大突破是高分辨率圖像采集設(shè)備的開發(fā)與應(yīng)用?;诨パa(bǔ)金屬氧化物半導(dǎo)體(CMOS)技術(shù)開發(fā)的直接探測(cè)電子成像的裝置使電子顯微放大圖像的信噪比相對(duì)過去所使用的底片或電荷耦合元件(CCD)有了很大提高、進(jìn)而提高了成像的質(zhì)量。冷凍電子顯微鏡技術(shù)之樣品成像:低劑量輻照成像,普通樣品材料在進(jìn)行表征時(shí),電子劑量越高成像質(zhì)量越好。
冷凍電子顯微鏡技術(shù)中單顆粒重構(gòu)技術(shù):該技術(shù)也叫做單顆粒分析,主要適用于結(jié)構(gòu)具有全同性的生物大分子的結(jié)構(gòu)解析,蛋白質(zhì)的分子量通常要求在100KD以上,在顆粒數(shù)目足夠多的情況下,理論上其分辨率可以達(dá)到原子水平。該方法的圖像處理和三維重構(gòu)計(jì)算過程如下:從原始的電鏡照片中將顆粒圖像挑選出來,對(duì)其進(jìn)行二維圖像對(duì)中、分類和平均,然后通過計(jì)算等價(jià)線的方法推算各分類圖的取向,利用傅里葉重構(gòu)法建立始三維結(jié)構(gòu)模型,通過對(duì)原始圖片或分類平均圖與結(jié)構(gòu)模型投影的匹配,優(yōu)化取向參數(shù),進(jìn)而得到更準(zhǔn)確的三維結(jié)構(gòu)模型,如此反復(fù)對(duì)初始結(jié)構(gòu)模型進(jìn)行修正,直到收斂獲得較終的結(jié)果。單顆粒重構(gòu)技術(shù)近年來發(fā)展迅速,應(yīng)用普遍,不斷有文章報(bào)道利用此技術(shù)所獲得的大分子復(fù)合物的三維結(jié)構(gòu)。冷凍電鏡技術(shù)之冷凍掃描電鏡是克服樣品含水問題的一個(gè)快速、可靠和有效的方法。汕頭單顆粒冷凍電鏡技術(shù)哪里有
冷凍電鏡技術(shù)將生物分子進(jìn)行冷凍便可進(jìn)行高分辨率成像,還具有分辨率高等優(yōu)勢(shì)。寧波冷凍電鏡單顆粒技術(shù)
冷凍電鏡技術(shù)解析結(jié)構(gòu)主要風(fēng)險(xiǎn)在:A.樣品很不穩(wěn)定,樣品寄送過來的時(shí)候,已經(jīng)降解或者聚集,無法進(jìn)行后續(xù)處理;B.樣品在冷凍制樣的過程中,可能會(huì)被凍碎,從而無法進(jìn)行后續(xù)處理;C.樣品純度可能很好,但是均一度很差,從而難以獲得樣品的高分辨結(jié)構(gòu);D.我們關(guān)心的區(qū)域可能在整個(gè)復(fù)合體中有很強(qiáng)的柔性,從而經(jīng)過二維或者三維平均后,我們關(guān)心區(qū)域的分辨率會(huì)比較差甚至看不見,達(dá)不到我們的預(yù)期;E.一些配體,比如藥物前體分子,分子量太小,不一定能在電鏡的密度圖中觀測(cè)到;F.對(duì)于合適的樣品,我們冷凍制樣需要優(yōu)化的參數(shù)有很多,包括樣品濃度的優(yōu)化,blottime的優(yōu)化,溫度的優(yōu)化,grid規(guī)格(銅網(wǎng)或者金網(wǎng))的優(yōu)化等一系列條件的優(yōu)化。因此冷凍電鏡制樣需要豐富的經(jīng)驗(yàn)和充足的機(jī)時(shí)支持,不同的實(shí)驗(yàn)者,成功率可能差別很大。寧波冷凍電鏡單顆粒技術(shù)
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