聚合酶鏈反應(yīng):在檢測病原體方面,病原體培養(yǎng)是臨床診斷的金標(biāo)準(zhǔn) .但是對于一些苛養(yǎng)菌 生長緩慢的細(xì)菌或難以培養(yǎng)的病原體等培養(yǎng)的陽性檢出率不高.檢測時(shí)間過長 無法滿足臨床早期快速診斷以指導(dǎo)醫(yī)治的需要[3]。當(dāng)前 PCR 技術(shù)是在傳統(tǒng) PCR 技術(shù)應(yīng)用的基礎(chǔ)上進(jìn)行的改進(jìn),包括實(shí)時(shí)定量 PCR 技術(shù) 、 實(shí)時(shí)熒光定量PCR、 PCR-酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn) 、 巢式PCR等。 在PCR技術(shù)的輔助作用下,實(shí)驗(yàn)室檢測也逐漸從生化免疫診斷過渡到基因診斷,生化免疫檢測主要從表型表現(xiàn)評估病癥,而基因診斷則深入本質(zhì)探究其病因,以PCR 技術(shù)為主的核酸技術(shù)在臨床實(shí)驗(yàn)室檢測與疾病診斷中表現(xiàn)出了明顯的應(yīng)用價(jià)值,在未來的臨床醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中必將會(huì)得到更加較廣的應(yīng)用。PCR反應(yīng)的特異性決定因素為:引物與模板DNA特異正確的結(jié)合。無錫血液數(shù)字PCR
PCR的反應(yīng)條件:Tm=4(G+c)+(A+T),一般在45~55度,溫度低容易退火但特異性低;溫度高,不容易退火但特異性高。退火時(shí)間30秒。延伸溫度一般在70~75度這時(shí)TaqDNA聚合酶活性很高(150個(gè)/S),當(dāng)引物在16個(gè)堿基以下時(shí)可采用緩慢升高溫度到70~75度的方法,使在低溫下就開始合成。一般<1KB時(shí)間1分鐘即可。當(dāng)〈1KB時(shí)在較后的循環(huán)中延長擴(kuò)增時(shí)間。循環(huán)次數(shù)25~30次。無產(chǎn)物時(shí):取10ul擴(kuò)增混合液作模板在進(jìn)行PCR擴(kuò)增;增加TaqDNA聚合酶濃度;增加循環(huán)次數(shù);降低退火溫度;加靶DNA量。珠海骨頭數(shù)字PCR序列間特異性聚合酶鏈反應(yīng)是一種用于DNA指紋識(shí)別的聚合酶鏈反應(yīng)方法。
聚合酶鏈反應(yīng)的常見問題分析與解決方法:擴(kuò)增產(chǎn)物出現(xiàn)多條帶(雜帶):引物用量偏大,引物的特異性不高。應(yīng)調(diào)換引物或降低引物的使用量。循環(huán)的次數(shù)過多。適當(dāng)增加模板的量,減少循環(huán)次數(shù)。酶的用量偏高或酶的質(zhì)量不好,應(yīng)降低酶量或調(diào)換另一來源的酶。退火溫度偏低,退火及延伸時(shí)間偏長。應(yīng)提高退火溫度,減少變性與延伸時(shí)間,也可采用二種溫度的PCR擴(kuò)增。以2度為梯度設(shè)計(jì)梯度PCR反應(yīng)優(yōu)化退火溫度。 樣品處理不當(dāng)。Mg2+濃度偏高,因適當(dāng)調(diào)整Mg2+使用濃度。若為PCR試劑盒,也可能時(shí)試劑盒本身質(zhì)量有問題。復(fù)制提前終止。使用非熱啟動(dòng)的聚合酶時(shí)常有發(fā)生。冰上準(zhǔn)備反應(yīng)體系或采用熱啟動(dòng)聚合酶。
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的試驗(yàn)污染:實(shí)驗(yàn)室中克隆質(zhì)粒的污染:在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室及某些用克隆質(zhì)粒做陽性對照的檢驗(yàn)室,這個(gè)問題也比較常見。因?yàn)榭寺≠|(zhì)粒在單位容積內(nèi)含量相當(dāng)高,另外在純化過程中需用較多的用具及試劑,而且在活細(xì)胞內(nèi)的質(zhì)粒,由于活細(xì)胞的生長繁殖的簡便性及具有很強(qiáng)的生命力。其污染可能性也很大。污染的監(jiān)測:一個(gè)好的實(shí)驗(yàn)室,要時(shí)刻注意污染的監(jiān)測,考慮有無污染是什么原因造成的污染,以便采取措施,防止和消除污染。重復(fù)性試驗(yàn)。選擇不同區(qū)域的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng):模板的制備,PCR的模板可以是DNA,也可以是RNA。
聚合酶鏈反應(yīng)有許多優(yōu)點(diǎn)。它很容易理解和使用,并迅速產(chǎn)生結(jié)果。這項(xiàng)技術(shù)非常敏感,有可能產(chǎn)生數(shù)百萬到數(shù)十億份特定產(chǎn)品的拷貝,用于測序、克隆和分析。qRT-PCR具有與PCR相同的優(yōu)點(diǎn),同時(shí)還具有定量合成產(chǎn)物的優(yōu)點(diǎn)。因此,它可以用于分析病癥、微生物或其他疾病狀態(tài)中基因表達(dá)水平的變化。聚合酶鏈反應(yīng)是一種非常強(qiáng)大和實(shí)用的研究工具。許多疾病的未知病因的測序正在通過聚合酶鏈反應(yīng)得到解決。這項(xiàng)技術(shù)可以幫助我們識(shí)別與已知病毒相關(guān)的未知病毒序列,從而讓我們更好地了解疾病本身。如果該過程可以進(jìn)一步簡化,并且可以開發(fā)靈敏的非輻射檢測系統(tǒng),PCR將在未來幾年在臨床實(shí)驗(yàn)室中占據(jù)明顯地位。電子PCR被提出作為分子生物學(xué)的教育工具。無錫血液數(shù)字PCR
熱啟動(dòng)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng):一種在PCR的初始建立階段減少非特異性擴(kuò)增的技術(shù)。無錫血液數(shù)字PCR
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng):Taq(水生棲熱菌)聚合酶耐熱DNA聚合酶的很好活性溫度約為75-80°C(167-176°F),盡管該酶通常使用72°C(162°F)的溫度。在該步驟中,DNA聚合酶通過從反應(yīng)混合物中添加在5’-至-3’方向上與模板互補(bǔ)的游離DNA鏈來合成與DNA模板鏈互補(bǔ)的新DNA鏈,在新生(伸長)DNA鏈的末端,將dNTPs的5'-磷酸基與3'-羥基縮合。延伸所需的精確時(shí)間取決于所使用的DNA聚合酶和要擴(kuò)增的DNA目標(biāo)區(qū)域的長度。根據(jù)經(jīng)驗(yàn),在很好溫度下,大多數(shù)DNA聚合酶每分鐘聚合一千個(gè)堿基。在很好條件下(即,如果沒有限制底物或試劑的限制),在每個(gè)延伸/延伸步驟中,DNA靶序列的數(shù)量加倍。隨著每一個(gè)連續(xù)的循環(huán),原始模板鏈加上所有新產(chǎn)生的鏈成為下一輪延伸的模板鏈,導(dǎo)致特定DNA目標(biāo)區(qū)域的指數(shù)(幾何)擴(kuò)增。無錫血液數(shù)字PCR