生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統(tǒng)應(yīng)為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統(tǒng)要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。

溶氧量充足可以改善魚類棲息的生活環(huán)境，降低氨氮、亞硝(xiao)酸態(tài)氮、硫化氫等有毒物質(zhì)的濃度。魚蝦生活在溶氧不足的水中，體質(zhì)將下降，對疾病抵抗力降低，發(fā)病率升高，在低氧環(huán)境下寄生蟲病也易于蔓延。由于國內(nèi)現(xiàn)階段池塘養(yǎng)殖方式較為廣泛，工廠化養(yǎng)殖廠規(guī)模大多較小，所以主要使用機械式增氧機。工廠化養(yǎng)殖規(guī)模大，養(yǎng)殖密度高，對增氧系統(tǒng)要求高，普遍采用純氧、富氧增氧。雖然機械式增氧機目前基本上能滿足國內(nèi)要求，但是考慮到大規(guī)模正規(guī)的工廠化養(yǎng)魚廠及發(fā)展趨勢，純氧、富氧增氧技術(shù)在國內(nèi)的運用是必然。

在目前的發(fā)展水平下，循環(huán)水養(yǎng)殖模式較高的準入門檻使得循環(huán)水養(yǎng)殖與普通低附加值魚類無緣，而名貴海水魚類可養(yǎng)殖品種有限，限制了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的發(fā)展。近些年來，經(jīng)過專家學(xué)者和眾多的養(yǎng)殖企業(yè)的不斷探索，國內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖品種的豐富度大大提高，如：斑石鯛、墨瑞鱈魚、黃條鰤等。循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)既是一個復(fù)雜的系統(tǒng)工程，又是一個矛盾的綜合體，因此，不可能存在一種十全十美、適用于所有養(yǎng)殖品種的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，只要不出現(xiàn)明顯的設(shè)計漏洞，系統(tǒng)運行過程中遇到的很多問題，可以通過系統(tǒng)管理技術(shù)和養(yǎng)殖技術(shù)來解決。