循環(huán)水系統(tǒng)處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質(zhì)，這些物質(zhì)排入到養(yǎng)殖水中后會在細(xì)菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質(zhì)。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環(huán)水處理系統(tǒng)的功能所在。循環(huán)水處理系統(tǒng)首先包括機械過濾部分。這些設(shè)備會將水中的固體懸浮物在一時間過濾出來。經(jīng)常用到的設(shè)備是蛋白質(zhì)分離器、微濾機、精密過濾器等設(shè)備。其次，循環(huán)水處理系統(tǒng)還有生化過濾設(shè)備。這些設(shè)備是為了培養(yǎng)相應(yīng)的微生物來對水中溶解性物質(zhì)進(jìn)行分解分離的。

生化模式凈水主要是靠硝化細(xì)菌，硝化細(xì)菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細(xì)菌掛膜需要濾材（細(xì)菌屋）；硝化細(xì)菌屬于好氧細(xì)菌，因此需要氧氣；硝化細(xì)菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細(xì)菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細(xì)菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進(jìn)來進(jìn)行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統(tǒng)應(yīng)為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統(tǒng)要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。

結(jié)合工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的特點，研究開發(fā)出節(jié)能環(huán)保，占地面積少，土地使用效率高，能有效隔離病害和控制病源的侵入，降低魚苗的攜菌和發(fā)病率的封閉式工廠化養(yǎng)殖循環(huán)水處理系統(tǒng)：在臺風(fēng)自然災(zāi)害較多的南方，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖可有效抵御自然災(zāi)害對水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)毀滅性的打擊。在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，重要的就是水質(zhì)的凈化處理，這關(guān)乎到水產(chǎn)養(yǎng)殖的成敗。目前，傳統(tǒng)的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于大量電力化設(shè)備的使用，能耗特別高，加之部分設(shè)備耐腐蝕性差，成為現(xiàn)在做循環(huán)水養(yǎng)殖頭疼的事情。