但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實(shí)力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計(jì)存在問題或其他一些人為原因，運(yùn)行不充分或運(yùn)行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進(jìn)一步探討、完善。

廣州環(huán)控農(nóng)業(yè)生物科技有限公司針對如何防止水產(chǎn)養(yǎng)殖疾病的滋生做出了長時(shí)間研究，經(jīng)過幾年時(shí)間的不斷反復(fù)研究，發(fā)現(xiàn)病毒的滋生主要是因?yàn)轲B(yǎng)殖水體質(zhì)量變差惡化造成的，很多的病毒在養(yǎng)殖水體質(zhì)量差的環(huán)境中會顯得異?；钴S。同時(shí)廣州環(huán)控經(jīng)過幾年時(shí)間的研究發(fā)現(xiàn)，水產(chǎn)養(yǎng)殖戶們所做的防護(hù)措施根本是治標(biāo)不治本的，可能短時(shí)間內(nèi)有效，因?yàn)樗麄兏緵]有一整套完整的系統(tǒng)去維持水體環(huán)境質(zhì)量。

在目前的發(fā)展水平下，循環(huán)水養(yǎng)殖模式較高的準(zhǔn)入門檻使得循環(huán)水養(yǎng)殖與普通低附加值魚類無緣，而名貴海水魚類可養(yǎng)殖品種有限，限制了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的發(fā)展。近些年來，經(jīng)過專家學(xué)者和眾多的養(yǎng)殖企業(yè)的不斷探索，國內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖品種的豐富度大大提高，如：斑石鯛、墨瑞鱈魚、黃條鰤等。循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)既是一個(gè)復(fù)雜的系統(tǒng)工程，又是一個(gè)矛盾的綜合體，因此，不可能存在一種十全十美、適用于所有養(yǎng)殖品種的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，只要不出現(xiàn)明顯的設(shè)計(jì)漏洞，系統(tǒng)運(yùn)行過程中遇到的很多問題，可以通過系統(tǒng)管理技術(shù)和養(yǎng)殖技術(shù)來解決。