循環(huán)水系統(tǒng)處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質(zhì)，這些物質(zhì)排入到養(yǎng)殖水中后會在細(xì)菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質(zhì)。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環(huán)水處理系統(tǒng)的功能所在。循環(huán)水處理系統(tǒng)首先包括機(jī)械過濾部分。這些設(shè)備會將水中的固體懸浮物在一時間過濾出來。經(jīng)常用到的設(shè)備是蛋白質(zhì)分離器、微濾機(jī)、精密過濾器等設(shè)備。其次，循環(huán)水處理系統(tǒng)還有生化過濾設(shè)備。這些設(shè)備是為了培養(yǎng)相應(yīng)的微生物來對水中溶解性物質(zhì)進(jìn)行分解分離的。

高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運(yùn)行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護(hù)、過濾設(shè)施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測和疾病的預(yù)防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學(xué)有效運(yùn)行是多學(xué)科知識的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設(shè)施設(shè)備的作用、運(yùn)行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運(yùn)行管理。較高的進(jìn)入門檻也進(jìn)一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。

傳統(tǒng)養(yǎng)殖方式如池塘養(yǎng)殖和網(wǎng)箱養(yǎng)殖，存在著占地面積大，適合養(yǎng)殖的地域有限，污染環(huán)境，易受地理氣候條件影響，容易因自然災(zāi)害造成減產(chǎn)等劣勢，其越來越嚴(yán)重的環(huán)境問題和產(chǎn)品安全性問題，難以實現(xiàn)可持續(xù)性發(fā)展。與傳統(tǒng)養(yǎng)殖方式相比，循環(huán)水養(yǎng)殖生產(chǎn)每單位水產(chǎn)品可以節(jié)約50～100倍的土地和160～2600倍的水，比傳統(tǒng)養(yǎng)殖節(jié)約90%～99%的水和99%的土地，并且?guī)缀醪晃廴经h(huán)境。